L’identité théologique de la HET-PRO s’enracine profondément dans la révélation biblique et s’inspire notamment de la Confession de foi du mouvement de Lausanne, formulées lors des congrès de Lausanne, Manille et Cape Town. Ce mouvement a évolué au fil des décennies, en réponse aux changements mondiaux. Jean Decorvet, le recteur de la HET-PRO, a été interviewé à ce sujet dans le journal RÉFORMÉS.
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